解析 Prototype基因任务：破碎故事背后的环环相扣与首尾呼应
【下面认真揭秘剧情】
1
死亡
教学任务，病毒传播第18天。
病毒蔓延的第一天。有人在宾州释放了一种未知病毒。亚历克斯的尸体在解剖台上醒来，对发生的事情毫无记忆。在吞噬了追捕者后，亚历克斯想起自己有一个妹妹，戴娜。
2
过去和
亚历克斯试图回到家里寻找线索并向凶手进行报复，但却遭到了伏击。
玻璃
戴娜从亚历克斯的电脑里找到了这个名字，亚历克斯进入设施后逃脱，引发了曼哈顿第二波病毒感染。
3
的
亚历克斯寻求前女友兼员工卡伦的帮助。
新秩序
凯伦发现，感染源来自两种不同的病毒株。
4
打开
美国核动力航空母舰抵达哈德逊湾，提高了动员级别。
在网络上
城市大规模部署病毒检测设备，主席提供了一种可以消灭艾利克斯体内病毒的病原体。
世界
阿历克斯破坏了病毒检测装置，试图靠近，但最终失败。
男生
凯伦背叛了亚历克斯。亚历克斯被克罗斯队长注射了病原体，导致他失去了部分能力。
5
手术刀下
病原体开始寄生、侵蚀亚历克斯，亚历克斯来到圣保禄医院，找到一位同样是其前雇员的医生并请求他的帮助。
身体
亚历克斯和医生潜入军事基地调查感染宾夕法尼亚病毒的人的遗体。
医生利用这些细胞作为培养基，成功地制造出抗体来对抗病原体，亚历克斯也恢复了原来的能力。
6
墙上的门
戴娜被不明身份的人绑架。曼哈顿的感染率持续上升。
第一和最后
亚历克斯制服。
首先
阿历克斯将它吃掉，并进一步找出绑架达娜的变种人。在吃掉它之后，他发现了达娜的下落。
这
利用军队的火力，亚历克斯进入核心巢穴寻找戴娜。
的
核心巢穴的中心是病毒的核心携带者。亚历克斯将病原体注入体内，但病原体被排出体外并形成。亚历克斯成功救出戴娜虐杀原形2大结局，但她却陷入了昏迷。
7
神一般的男人
一名不明身份的人向艾利克斯透露了病毒的来源。与此同时，军方从空中释放病毒抗体，并引进使用病毒技术的超级士兵。
的梦
军方进一步分散了地面上的资产，阿历克斯为了自保，试图破坏这次分散行动。
一个自由的世界
军方计划使用特殊泵将感染者驱赶到地下并消灭他们。阿历克斯伪装成一名士兵护送他们。
8
未来
泵动到位，大量九头蛇感染者的尸体从地面涌出。
在
他从地下的藏身处现身并被亚历克斯杀死并吞噬。
震撼与敬畏
阿历克斯企图毁掉生产设施，但他假装失败然后与他对峙。为了防止阿历克斯夺走他的记忆，他开枪自杀。
9
最后一个人
亚历克斯的匿名联系人被发现是地面部队的队长克罗斯。军方开始撤离纽约市，并计划在城内引爆核弹以消灭病毒。亚历克斯开始追踪地面部队的领导人。
二
阿历克斯吞噬了伊恩，伊恩违抗命令逃跑。阿历克斯化身为人形生物，与克罗斯一起成功登上哈德逊港外的美国军舰。
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最后一章
一个太阳
阿历克斯吸收了首领彼得将军。军团首领和感染核心被消灭，而假扮克罗斯的人暴露了真实身份，试图吞噬阿历克斯。被消灭后，阿历克斯带着即将引爆的核弹离开纽约，沉入海底。核弹的威力将他炸飞，身体碎片吸收了曼哈顿岛上的其他生物，阿历克斯第二次复活。
以上就是游戏的基本剧情流程，但上述叙事方式却有一个致命的错误：游戏开始前的佩恩事件中，亚历克斯已经死亡，而那个自认为是亚历克斯的人其实只是一个吞噬了亚历克斯身体和部分记忆的实验病毒原型（）。亚历克斯已经不复存在，而玩家操控的游戏主角是一个以亚历克斯的样貌和部分记忆为默认值的“生物体”。故事的乐趣也由此而来：以为自己是亚历克斯，却不知道真正的亚历克斯做了什么，在整个生化灾难中扮演了什么角色，于是他基于错误的认知展开了复仇行动，从而酿成了更大的灾难。
所以，要了解《》的整个情节，首先就要弄清楚阿历克斯的身份。
谁是亚历克斯？
阿历克斯是生物科技公司旗下生化武器项目之一（黑光计划）的研究员。该项目的目的是利用特殊的生物样本，也就是研制出有针对性的病毒武器，是政府/军方资助的黑色计划。因为计划被泄露，军方决定派出病毒/生化危机处理小组（黑色守望）封锁整个项目，处理所有相关人员。阿历克斯意识到事情不对劲，于是开始私下调查，并利用妹妹向她寻求外部援助。
当亚历克斯得知军队要进行大清洗时，他决定自保。他将收集到的数据（笔记本电脑）寄给了妹妹，并从实验室中偷走了病毒，以为这样就足以威胁军方了。然而他在宾大被发现，他丝毫没有妥协的意思；眼看自己无路可逃，注定要死在这里，亚历克斯决定拖着整个纽约市一起陪葬，并打碎了装满病毒的试管。虽然他立即被击毙，但为时已晚，病毒已蔓延并开始感染纽约市民。亚历克斯当场死亡，现场高浓度的病毒吞噬了他的身体和碎片记忆，成为（原型）。
阿历克斯的尸体是最先被吞噬的对象，因此他的样貌也成为了默认样貌；而且，和游戏中吞噬其他人获得的记忆碎片一样，获得的只是阿历克斯残留记忆（甚至性格）的一部分，这也是为什么假阿历克斯在游戏开始时就“失忆”了。而对失忆/病毒感染始作俑者的莫名复仇欲望，也可以用阿历克斯生前对军方残留的恐惧和仇恨来解释。
她是谁？她和（）是什么关系？
1963年，美国军方在爱达荷州的霍普镇进行动物实验。1964年，军方开始进行人体实验，将病毒（后来）注射到所有霍普镇居民体内，最初目的是研制出可以有效对抗特定种族/民族的病毒武器。起初并没有任何变化（除了1965年出生的一名婴儿体内出现了分化的新病毒），直到1968年，镇民开始出现奇怪的集体行为，随后整个镇子瞬间被病毒感染，感染的核心就是那名19岁的少女。军方杀死了除她之外的所有感染者，并拘留了她继续进行病毒研究。那名19岁的白人女子已不复存在，军方/囚禁了一个有着病毒复合体外表的病毒复合体，它拥有集体意识，可以控制其他感染者，就像霍普镇一样。
从剧情中卡伦发现的两种病毒来看，艾莉克斯偷走的病毒应该是她体内母株的分支、变种或者改良株。这也是伪艾莉克斯说“我是你妈妈”的原因。
1969 年疫情爆发时她已怀孕，霍普敦事件后，她和儿子（代号）被军方接管。霍普敦镇压行动的负责人是彼得将军，他目前正在镇压纽约的感染。他当时是一名中尉，由于左手接触病毒时被感染，他切断了自己的胳膊。
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Karen不是Alex的女朋友吗？她为什么突然背叛他？
凯伦和艾莉克斯都是创始人手下的员工。疫情爆发后，凯伦成为军方清洗的对象，但她在逃脱失败后被捕。为了保护自己，她与军方合作，利用残留的爱的记忆秘密监视行动。她没有背叛艾莉克斯；她知道艾莉克斯在宾夕法尼亚大学死了。出现在她面前并向她求助的人是病毒复合体。
游戏中，玩家在满足一定条件后，就可以找到凯伦，并对她进行报复。
医生是谁？他为什么知道假亚历克斯体内的病毒，而且还能产生抗体？
他是生物医学领域的专家，因拒绝工作而被禁赛，后来转向病理学，在圣保罗医院担任病理学家十年。病毒在曼哈顿爆发后，他第一个察觉到不对劲，并试图向疾病报告系统报告，但遭到军方秘密阻拦。当他试图带着病毒样本逃离纽约时，被拦截。（当时生物医学行业的未来被禁止）他被允许继续研究病毒，条件是他不向外界报告或泄露任何相关信息。
Cross 为何会变成这样？他是什么时候被感染/吸收的？这到底是怎么回事？
源自战斗时使用的病原体。克罗斯用注射器将病原体注射到/伪亚历克斯的体内，它开始以寄生虫的形式侵蚀。但在的帮助下，寄生虫被排出体外。这种寄生虫后来被用作对抗的武器，但毫无效果。病原体被转化并排出体外，成为。
它拥有吞噬和吸收的能力（很有可能是寄生所致），从第一场战斗后Cross的残骸依然具有生命力就可以看出；虽然游戏中没有明确透露Cross被吸收的时间，但很有可能Cross在开始匿名接触之前就被感染/吸收了，然后被吞噬。
首先，在游戏过场动画中，克罗斯以亮黄色出现在感染者的视野中，说明克罗斯已经被感染；其次，当过场动画中伪亚历克斯和克罗斯讨论他的寄生问题时，克罗斯问道“你有没有想过寄生虫是否有感情？”这可以推断出克罗斯和寄生虫/病原体/之间的联系。同时，“寄生虫有感情吗”这句话透露出它和感染者一样拥有个体意识，并不受感染者集体意识的操控——它配合军队消灭是基于个体利益和自我生存的考虑：在除去潜在的操纵者（）和威胁者（军队）之后，再进行吞噬，就能拥有独特的力量来保证自身的生存。
游戏结局消失了？达娜在哪？
在游戏的最后，他意识到自己不是亚历克斯，也不只是亚历克斯。他认为自己背负了所有被吞噬者的记忆，也承担了所有被吞噬/杀死者的生命，并承担了亚历克斯感染佩恩乃至整个纽约的罪孽。戴娜的情况尚不清楚，但既然他已经意识到自己不是亚历克斯/戴娜的兄弟，那么他会刻意避开戴娜也是可以理解的。
虽然暂时脱离了军方的控制，但是这个儿子还在军方手中，研究还可以继续。
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